Las Lagunas de San Isidro, están localizadas en la cima del cerro del mismo nombre, en el sector de Cotapata cerca a la Población de Huancané. Las de mayor importancia se denominan Laguna Blanca y Laguna Negra. Para llegar a estas lagunas es necesario partir de la Comunidad de San Isidro y realizar una caminata hasta la cima del cerro. A una altura de 2.540 m.s.n.m. se encuentra la Laguna Blanca, su extensión aproximada es de 500 metros, se caracteriza por tener forma de óvalo y una cola pronunciada que al parecer se conecta subterráneamente con el Lago Negro. Este último se encuentra a una altura de 2.564 m.s.n.m., el color oscuro de sus aguas hace referencia a su nombre. Está rodeada de una vegetación de árboles de portes altos y leñosos cuya corteza se encuentra en proceso de degradación, lo que al parecer otorga el color negruzco al agua. En el recorrido para acceder a estas lagunas es posible encontrar vertientes que pueden ser aprovechadas por el visitante para refrescarse. Asi mismo, se pueden encontrar miradores naturales como por ejemplo, Condorcuchu, desde donde se puede divisar San Isidro, las poblaciones adyacentes y la riqueza vegetal de la región. 

Recomendaciones

Ropa delgada, ligera y cómoda. Botiquín de primeros auxilios con repelente contra insectos, antihistamínicos, antipiréticos y antiofídicos. Se debe recibir una vacuna contra la fiebre amarilla y malaria antes de internarse a esta región.